新青森駅は日本国有鉄道（国鉄）時代の1986年（昭和61年）11月1日に在来線である奥羽本線の中間駅として設置されたが、当初から新幹線駅と接続することを前提としていた。
先行して在来線が開業したのは、東北新幹線の盛岡駅以北の建設遅れで地元住民の不満が高まっていたため、これを解消する狙いもあって、関連事業の一環としての、駅設置となった

設置から24年後の2010年（平成22年）12月4日に、東北新幹線八戸駅‐当駅間が延伸開業されたことにより同新幹線が全線開業するとともに、東北地方6県の県庁所在地全てに新幹線（法規上は在来線であるミニ新幹線も含む）が開通した。目的が達成された当駅は、青森市の新たなるターミナル駅としての役割を担うようになった

なお青森市の代表駅は隣の青森駅である。東北6県の県庁所在地では唯一代表駅と新幹線駅が別になっている。市内の新幹線駅の位置においては1974年（昭和49年）から、当駅のある石江地区への新駅設置を推す国鉄と、青森駅併設を推す青森市の間で対立が続いていた。青森駅に併設した場合スイッチバックが必要（かつて青函連絡船の本州側の駅であった青森駅は、連絡船の桟橋に近づけるため海に向かって設置されている）で、将来北海道新幹線に直通させる場合速達性が失われることもあり、国鉄側は当初から新駅設置案を最有力としていた。市側も青森駅併設案を頑なに変えずにいたが、結局1980年（昭和55年）、に建設時期を逸することへの懸念から、市が折れる形で新駅設置に決着した。